As aulas de cada disciplina são ministradas por meio da plataforma de ensino virtual MOODLE no período de quatro semanas de acordo com o calendário divulgado no site do CPAJ. A maioria dos professores utiliza seus próprios textos e estes são mesclados com textos, áudios e vídeos selecionados, seus ou de outrem. No mês de aulas, esses materiais ficam disponíveis ao aluno para acesso a qualquer hora. É o aluno quem deve administrar esse acesso de acordo com a sua disponibilidade de tempo e os prazos estabelecidos pelo professor. Para discussão, fixação do aprendizado e avaliação são utilizados fóruns, questionários e tarefas de dissertação sobre os temas abordados nas aulas.

O curso está organizado para ser completado em 1 ano. Serão oferecidas até 4 disciplinas a cada semestre. Caso o aluno seja reprovado em alguma disciplina ou solicite trancamento temporário,  terá um ano adicional de prazo, mediante pagamento adicional quando for o caso. Após esse prazo deverá fazer nova matrícula onde serão aproveitadas as disciplinas em que obteve aprovação.