O CPAJ oferece dois programas de mestrado com propostas e objetivos formativos distintos: o Magister Divinitatis (MDiv), de ênfase ministerial, voltado ao aprofundamento da formação bíblica, teológica e prática para o serviço cristão, oferecido nas modalidades Híbrida e Online; e o Sacrae Theologiae Magister (STM), de ênfase acadêmica, voltado ao aprofundamento teológico e à pesquisa, oferecido na modalidade presencial.
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