O CPAJ oferece dois programas de Mestrado com reconhecimento intracorpus. Eles se distinguem por seu propósito e podem se constituir em duas etapas graduais dos estudos de pós-graduação de um estudante.
MDIV
Magister Divinitatis
Programa com estrutura seguindo o modelo dos tradicionais mestrados profissionais. Enfatiza o preparo para aplicação ministerial.
