O CPAJ oferece dois programas de Mestrado com reconhecimento intracorpus. O primeiro se subdivide em dois estágios (MDiv/STM) que se distinguem por seu propósito e podem se constituir em duas etapas graduais dos estudos de pós-graduação de um estudante. O segundo é um programa internacional em parceria com o Gordon College.
MDIV
Magister Divinitatis
Programa com estrutura seguindo o modelo dos tradicionais mestrados profissionais. Enfatiza o preparo para aplicação ministerial.
