Em agosto do mesmo ano de 1990, a JET nomeou uma comissão para elaborar um projeto de programa de pós-graduação na área de teologia, constituída pelo Presb. Adonias Costa da Silveira (relator) e os Revs. Wilson de Souza Lopes, Osvaldo Henrique Hack e Ismael Andrade Leandro. Em sua reunião do dia 2 de março de 1991, a JET aprovou o “Regulamento para os Cursos de Pós-Graduação da IPB”. Na mesma reunião, recebeu do Seminário Presbiteriano do Sul (Campinas) e do Seminário Presbiteriano Rev. José Manoel da Conceição (São Paulo) propostas para a instalação, nesses seminários, do Curso de Pós-Graduação idealizado pela JET.
A Junta de Educação Teológica decidiu, então, instalar o Curso de Pós-Graduação em Teologia, em nível de mestrado, no Seminário Presbiteriano Rev. José Manoel da Conceição. Em 24 de agosto de 1991, a JET aprovou a instalação do Curso de Pós-Graduação em Educação Cristã, também em nível de mestrado, no Seminário Presbiteriano do Sul. Assim, a Junta passou a supervisionar dois programas de pós-graduação, um em São Paulo (Teologia) e outro em Campinas (Educação Cristã).
O programa foi adotado pela Evangelical Presbyterian Church (EPC), dos Estados Unidos, como um “projeto missionário”. A cerimônia de inauguração deu-se no dia 6 de março de 1992, no Seminário Presbiteriano Rev. José Manoel da Conceição, sendo o primeiro coordenador do Centro o Rev. João Alves dos Santos. Entre os estudantes dessa nova fase estavam os Revs. Edilson Botelho Nogueira, Edival José Vieira, Fôlton Nogueira da Silva, Sebastião Machado Arruda e Tarcízio José de Freitas Carvalho, que fizeram parte da primeira turma de formandos do Curso de Pós-Graduação. O Dr. Gerard Van Groningen voltou a São Paulo em setembro de 1992 para ensinar disciplinas da sua área.
Em fevereiro de 1993, após concluir o seu curso de doutorado (Th.D.) em Teologia Sistemática no Concordia Theological Seminary, em Saint Louis, Missouri, o Dr. Heber Carlos de Campos assumiu a coordenação do Curso de Pós-Graduação. No mesmo ano, vieram ministrar aulas os professores Dr. Moises Silva (Novo Testamento) e Fred Klooster (Teologia Contemporânea). Outros professores que lecionaram disciplinas foram os Drs. Darryl Hart (Westminster Theological Seminary), na área de História da Igreja, e Laird Harris (Covenant Theological Seminary), em Antigo Testamento.
Em 1994, o curso recebeu o nome de Centro de Pós-Graduação Andrew Jumper, em homenagem ao Rev. Dr. Andrew Albert Jumper, falecido em maio de 1992, que muito contribuiu para o reinício do programa e a obtenção de apoio financeiro. Nos anos subsequentes, graças ao convênio firmado com a Evangelical Presbyterian Church, outros pastores brasileiros fizeram seus estudos de doutorado no exterior e passaram a compor o corpo docente do Centro de Pós-Graduação, ao lado do Dr. Heber Campos. Foram eles o Dr. Augustus Nicodemus Gomes Lopes (Novo Testamento), Dr. Mauro Fernando Meister (Antigo Testamento) e Dr. Alderi Souza de Matos (História da Igreja). Entre outras atividades, esses professores passaram a editar, a partir de 1996, a revista teológica Fides Reformata, que obteve grande aceitação junto a pastores e leigos presbiterianos e de outras denominações evangélicas.
A Junta de Educação Teológica, em sua reunião de 30 de novembro de 1995, considerando uma série de dificuldades relativas ao status institucional dos cursos de pós-graduação em funcionamento sob a sua supervisão, resolveu solicitar à Comissão Executiva do Supremo Concílio uma definição sobre a matéria. A Comissão Executiva, na sua reunião de março de 1996, nomeou uma Comissão Especial, constituída pelos Revs. Guilhermino Cunha, Osvaldo Henrique Hack e Silas de Campos, e os Presbs. Adonias Costa da Silveira e Eduardo Lane, com poderes para institucionalizar e dar as providências cabíveis ao Centro de Pós-Graduação Andrew Jumper.
Após demorado estudo, essa comissão resolveu encaminhar à Comissão Executiva a seguinte proposta: a) que a IPB tenha apenas um centro de pós-graduação, o qual funcionará por módulos; b) que o nome do centro seja Centro de Pós-Graduação Andrew Jumper; c) que a administração do centro seja de competência exclusiva da Junta de Educação Teológica, na forma do seu Regimento Interno, bem como do Regimento do próprio Centro; d) que os títulos de Mestre e Doutor sejam conferidos pelo Diretor do Centro de Pós-Graduação, mediante aprovação da competente Câmara de Pós-Graduação.